El señor de las moscas narra las desventuras de unos chicos británicos cuyo avión ha chocado en una isla desierta en el Océano Pacífico. Sin adultos, tienen que organizarse; Ralph, uno de los chicos mayores, es elegido como jefe. La concha otorga cierto poder sobre el grupo, aparte de ser la mediadora en las asambleas; sólo aquel que la posea podrá hablar.
El primer problema surge cuando los niños pequeños tienen miedo a una bestia en algún sitio de la isla. Ralph decide, sin embargo, que es un temor fundado y, usando las gafas de Piggy, hacen una hoguera para señalar su posición de cara a posibles barcos que pasen.
La situación se torna tensa cuando otro chico —Jack—, que no está muy cómodo bajo el mandato de Ralph, opina que deberían centrarse en cazar en vez de en la hoguera. Él y un grupo cada vez más numeroso se vuelve más salvaje con el tiempo. Mientras tanto, otro personaje importante —Simon— ayuda a Piggy y a Ralph a hacer refugios.
Todo va más o menos bien, hasta que la gran mayoría empieza a descuidar sus obligaciones: aquellos que deberían estar vigilando la hoguera se unen a Jack para dar caza a un jabalí. En este momento Ralph estalla en cólera debido a que un barco pasa frente a la isla y no les ve debido a que el fuego se había apagado.
Entonces es cuando un paracaidista venido de la guerra aterriza en la isla, y creen que es la bestia que atormenta los sueños de los pequeños. Se ordena una búsqueda y captura del mismo. Para matarlo.
Simon cree que, en realidad, la bestia son ellos mismos; cada vez son más salvajes. Se va al monte a meditar, y puede ver la matanza que realiza el grupo de Jack.
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Jack cree que Ralph no debería ser el jefe, porque —en su opinión— tendría que cuidarse más de matar cerdos para proveer de carne al grupo. Se separa, y sus compañeros de coro y algún otro se les unen. Son cazadores. Son primitivos.
Ralph y su fiel Piggy se quedan solos, por tanto. Sin apenas conocimientos de caza ni refugios, cuando Jack organiza una fiesta después de haber sacrificado otro cerdo, no tienen más remedio que acudir si no es su deseo morir por inanición. Aparece Simon. Viene del monte. Cubierto de suciedad, líquidos corporales. Trata de explicar la existencia de la bestia. Sin embargo, no le reconocen; le apalean hasta la muerte. Sólo salvajes.
La situación empeora a partir de ese momento. La banda de Jack roba las gafas de Piggy; a pesar de tener sólo una lente sirven para hacer fuego. Deciden ir de visita diplomática a su base, pero Roger deja caer una roca sobre la cabeza del menor. Lo mata. Piggy. Ralph, huye. Atemorizado. Y en la playa se encuentra a un oficial de la marina británica. Milagrosamente, los muchachos son rescatados.
~ F I N ~